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锰作为人体必需微量元素以离子形式存在于体内，总含量仅有12～20毫克。主要分布在肌肉、肝脏、肾脏和大脑内，人体所摄取的锰在肠道内被吸收，但吸收率仅有3%。锰在体内经过营养代谢后，绝大部分经由肠道排泄。
锰是人体内多种酶的成分，与人体健康的关系十分密切，因此有人将锰称作“益寿元素”。近年来的研究表明，体内的超氧化物歧化酶（SOD）具有抗衰老作用，而此酶内就含有锰。造成人体内锰缺乏的主要原因是从膳食中摄入的锰不足；食物中的钙、磷、铁及植酸过多而干扰锰的吸收。
人类锰缺乏可危害健康，但无典型而独立的症状，表现出有以下几种临床病症。
骨质疏松症的发生与血液内缺锰有关。人体的骨骼中有“成骨细胞”和“破骨细胞”，二者相辅相成共同维持骨骼的正常代谢。当体内长期锰缺乏时，破骨细胞的“破骨”作用增强而成骨细胞的活性受到抑制，骨孔增大，于是骨组织的强度和硬度均下降、韧性减退，变得疏松薄脆，受外力易发生骨折。
骨骼畸形，软骨受损是缺锰的又一表现。酸性黏多糖是构成软骨与骨组织的重要成分；硫酸软骨素也是构成骨骼与软骨、肌腱、皮肤和眼角膜的重要成分。酸性黏多糖和硫酸软骨素在体内的合成过程需要含锰的酶参与。当体内锰缺乏时，含锰酶的活性下降，这两种物质合成减少，于是发生骨骼畸形、软骨受损。尤其是中老年人易出现疲劳乏力、腰酸背痛、牙齿早脱、骨骼畸形且易断裂、角膜云翳等。儿童则是生长发育迟滞。
缺锰还易加速衰老。人体甲状腺分泌出的甲状腺素是一种统筹调节全身生命物质代谢的激素，然而这需要在锰的参与下才能发挥其正常功效。此外，人体细胞的正常分裂增殖以及体内蛋白质的合成过程，也都需要有锰的参与才能实现。缺锰时便可出现上述生理功能的退行性改变，皮肤角化过度，加速老年人的衰老进程。同时，体内的超氧化物歧化酶具有抑制和消除体内有害的“氧自由基”、防止脂质过氧化的功效，从而起到抗氧化、抗疲劳、抑制癌症、尤其是抗衰老作用。然而此酶必需在锰的催化下才有上述作用。由此可见，体内缺锰可加速衰老，适宜量的锰常被誉为益寿元素。
体内严重缺锰可导致不孕症，甚至出现死胎、畸胎和孕妇死亡。缺锰可使男性雄性激素分泌减少、性功能低下、睾丸萎缩、精子减少等。
此外，有人研究认为中医学上常讲的“肾虚”，实质上是指内分泌系统功能低下的表现，这与微量元素锰和锌缺乏紧密相关。补骨脂、肉苁蓉、枸杞子、何首乌、熟地等补肾中药中锰和锌的含量都较高。
锰虽然不是维生素的成分，但与维生素A、B、C的代谢有密切关系，并刺激抗毒素的形成。由此可见，缺锰时可影响维生素的合成及发挥其作用，从而降低机体抗病能力。
脑正常功能的发挥需要锰，缺锰可使人智力减退、儿童多动，甚至使人患惊厥、诱发癫痫（羊角风）和精神分裂症等精神病。
