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人类的生存、发展和进化离不开食物。任何一种食物，无论是传统的还是转基因的，健康安全是首要问题。没有安全，其他皆无意义。
人类对食物安全的认定，几千年来完全凭借经验。从老祖宗一代一代吃下来这样简单而实证的方法来证明和判断食物的安全性。所以，有毒的食物被抛弃，无毒的和有营养的被栽培、留种和保存下来。
当然，即使有一些食物本身有毒，但如果处理得当，也不会对人造成危险。例如，传统食物中的豆角没有彻底煮熟、马铃薯发芽等，都会引起中毒。而食物出现过敏则更是常见了。对于这些含天然毒素和过敏原的食物，人们从不大惊小怪，也没有人呼吁取消它们，而它们多数仍然是人类一日不可或缺的重要食物，只不过采取安全的烹调方式而已。
然而，回顾遗传工程的发展史，可以发现一个很有趣的现象，至今已有数十种药物蛋白包括胰岛素等都是用遗传工程方法在微生物发酵罐中生产并已在临床上广为应用，多年来人们对此从未有过异议。但用同样的遗传工程原理改造作物所生产的粮食却引起相当一部分人群、某些民间组织和一些国家政府的质疑和反对，学术界也存在不同见解。
这些分歧除了科学问题本身外，还涉及政治、经济、贸易、社会、伦理等诸多层面。而且不仅仅政治家、政府和国际组织官员、科学家、企业家、金融家、社会活动家纷纷表态，就连寻常百姓也对此关注有加。为什么?
食物本身就具有深刻的社会文化和历史的内涵，在某些情况下还与宗教信仰相联系。显而易见，食物是一类很特殊的消费品，是所有的地球人都必须消费的，终身不断。食物的审批程序不像药品那样严格。对食物，消费者有绝对的自由选择权。消费者对不了解、不喜欢的食物，说三道四，挑肥捡瘦，甚至拒绝和反对，他们有这个权利，无可非议。消费者还有知情权，他们若要了解某种食品的营养成分、原料来源、制作方法、添加剂含量等，厂家还必须无条件提供。所以说，对转基因食品有不同看法，引起争论，均源于这种商品的特殊性，完全是正常的。
转基因之争，尤其是食物转基因之争的焦点在什么地方?就转基因食品安全问题，人们担心和争论的主要是以下几方面：
1、遗传工程育种与传统育种是否有区别?
2、花椰菜花叶病毒35S启动基因是否对人体有害?
3、插入的外源转基因是否长期稳定从而发生“非预期效应”?
4、长期食用转基因食物对人体健康是否安全?
5、作为主食和作为添加剂的转基因食物在安全性方面一样吗?
6、转基因食物是否会引起过敏反应?
7、抗菌素抗性标识基因是否会转移到人肠道菌上?
8、吃进食物中的转基因DNA有危险吗?
那么，这些问题值得我们担心吗?这些担心有科学依据吗?
可以看到，正是这些问题引起了针锋相对的争论。这种情况一方面加剧了人们的关注，另一方面也增加了人们的无所适从。因为，人们经常可以听到一些专家学者甚至权威们大相径庭的回答。
公众应当听谁的?一个简单的原则是，不代表任何集团利益的独立机构的意见可能比较客观一些。而联合国有关组织，如世界粮农组织(FAO)、世界卫生组织(WHO)等就是这样的机构。
下面可以就第一个问题作出例证，如果你是消费者，在听了各方意见后也许会对转基因食物有一个相对明晰的理解。
遗传工程(转基因)育种与传统育种的区别是转基因食物的核心问题，一直存在争议，现在就让我们来看看专家们的不同意见“正方”：传统育种方法通过杂交和自发突变产生的作物新品种，基因也是发生了改造，所以遗传工程育种方法产生的基因改造生物(GMO)本质上与传统育种方法没有什么两样，是传统育种方法的延续。在外观上，西红柿还是西红柿，马铃薯还是马铃薯。转移了鱼基因的西红柿并没有长出鱼的鳞片或尾巴。若按照传统的食品检定标准进行检验，例如在营养成分、卫生标准等方面，转基因作物与一般作物也没有明显不同。要说基因发生变化，那传统育种造成基因变化的数量要远多于遗传工程育种方法。转基因食物经过了比传统食物更为严格的安全检验，证明对人体无害，符合“实质等同性”原则。
“反方”：通过转基因技术培育的作物与传统育种方法所产生的作物有本质上的区别，是用全新的、富有创造性的技术。所有转基因作物发明人在申请专利时必须向专利局证明他们的转基因生物是新颖的，正是这点让他们获得了专利发明权。但你怎么解释一方面这个生物是新发明的，在另一方面又与已存在的生物没有区别。这不是自相矛盾吗?所以转基因技术培育的作物与传统育种方法所产生的作物并不是“实质等同性”的。
联合国专家组：“实质等同性”系由联合国经济发展与合作组织(OECD)在20世纪90年代初提出，其概念是：“如果某种新食品或食品成分与已经存在的某一食品或成分在实质上相同，则在安全性方面它们也应是相同的。”在评估遗传工程食物和食物成分时，“实质等同性”是一个重要的组成部分。这个概念在科学上是合理的和实用的，也就是说该原则是唯一具可操作性的。运用“实质等同性”概念确可建立有效的安全评估框架。人们对“实质等同性”概念的批评部分是由于他们误解“实质等同性”是安全评估的终点而不是起点。但要强调一点，就是考虑成分的变化还不能作为决定食物安全性的唯一根据。必须综合比较各个方面的测试结果才能判定食物的安全性。
到底什么样的转基因食物可以被认为是安全的?通常认为转基因技术过程本身不会产生毒性或过敏原，关键在转基因所表达的产物蛋白。
所以，如果转基因蛋白满足下面的条件，就应该认为它是安全的：它们来自没有毒性或过敏历史的生物；它们与已知毒素蛋白或过敏原在结构上没有相似性；对它们的功能已有很充分的了解；它们在转基因作物可食部分中的表达水平并不高(因为过敏原通常在过敏食物中都是大量存在的)；它们在胃中能迅速(几分钟内)分解；它们在加热或正常烹饪条件下能被分解；急性毒性试验(用它们大量喂养实验小白鼠)中没有出现明显的副作用；慢性毒性试验(用它们喂养雏鸡42 天)也没有任何负面作用。
不过，面对未来食物中转基因种类日益增多以及遗传修饰更加深刻，转基因食物的安全评估将更为复杂。在这种情况下，FAO和WHO的专家支持“实质等同性”概念，这是转基因食物安全评估的第一个原则。
转基因食物安全评估的第二个原则是，必须“个案分析”。所谓“个案”是指每一种转基因食物都应该无例外地逐个进行，不能推论、演绎或代替，不能作普遍性的结论，也就是不能笼统说“转基因食物对健康是安全的”。即使同一种作物，转同一种基因，在同一批实验，得到的不同转基因个体其安全性也会不同，因为转基因的状态不同，可能得到不同的转基因品种。例如，甲公司研发的这批Bt转基因玉米经测试是安全的，但不能推论另一批Bt转基因玉米或乙公司研发同样的Bt转基因玉米就必然是安全的。
另外，在评估转基因食物的安全性方面，WHO在2000年发布了《关于转基因食品的20个问题》。其中，转基因食物健康安全性评估通常应包括以下几方面：对健康的直接影响(毒性)；引起过敏反应的趋势(过敏原性)；被认为具有营养或毒性的特定成分；插入基因的稳定性；由于遗传修饰影响的营养性质；以及由基因插入产生的任何“非预期效应”。
因此，作者认为，如果认真、切实地进行了以上这些方面的检验，又未发现任何问题，那被检验的转基因食品当然是安全的。问题是并非所有的国家都具备这些检测能力，或者都能一丝不苟地按上述要求进行检测，更何况有些检测项目本身实施起来难度就很大，如“过敏原性”和“非预期效应”这两大问题。这就要靠各国政府和科学家不懈地努力，以解决转基因食物安全性评估方法滞后于转基因食物快速发展的被动局面。
